La FIFA no reconoce las Copas Intercontinentales ganadas por Boca Juniors en 2000 y 2003, argumentando que estos títulos no son considerados campeonatos mundiales.
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Esta decisión se basa en la introducción del Mundial de Clubes, que ha redefinido la clasificación de los torneos internacionales.
La controversia sobre el reconocimiento de las Copas Intercontinentales de Boca Juniors en 2000 y 2003 se debe a la introducción del Mundial de Clubes en 2005, que ha llevado a la FIFA a omitir títulos anteriores.
Aunque Boca ganó contra Real Madrid y AC Milan, muchos aficionados consideran que estas victorias deben ser valoradas como logros significativos en la historia del club, a pesar de la falta de reconocimiento oficial por parte de la FIFA.
En 1960, con el nacimiento de la Copa Libertadores, se comenzó a disputar la Copa Intercontinental, que enfrentaba al campeón de América (Conmebol) con el campeón de Europa (UEFA). Salvo las excepciones de 1975 y 1978, se jugó ininterrumpidamente hasta 2004, aunque la FIFA no reconoce oficialmente las últimas cinco ediciones.
Es que en el año 2000 se estrenó el Mundial de Clubes, que tuvo una primera edición inédita con una final entre brasileños: Corinthians venció a Vasco da Gama luego de que Real Madrid quedara eliminado y hasta perdiera por penales el duelo por el tercer puesto ante Necaxa.